Als Standort für das Protonentherapie-Zentrum wurde mit Bedacht der Wissenschaftspark Berlin-Adlershof in der Hermann-Dorner-Allee/Karl-Ziegler-Straße gewählt. Dort erwarb Prothep Berlin im Oktober 2008 mit Genehmigung des Berliner Senats ein 13.386 m² großes, zum Bau und Betrieb eines Partikelbestrahlungszentrums bestimmtes geeignetes Grundstück.
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Berlin-Adlershof, eine Stadt in der Stadt, zählt zu den fortschrittlichsten Technologiezentren Europas. Seit 1990 wurden hier 1,5 Milliarden Euro investiert. Dieser High-Tech-Standort ist bestmöglich in die Infrastruktur eingebunden. Neben der Straßen- und Schienenanbindung befindet sich auch der Flughafen Berlin-Schönefeld in der Nähe. Das Gebiet liegt in der Nähe des historischen Kerns von Adlershof und des Müggelsees, eines der schönsten Erholungsgebiete der Hauptstadt.